Se déplacer dans le dossier ikiwiki contenant les sources et exécuter la commande suivante

for i in *mdwn ; do 
pagename=$(basename $i .mdwn).txt ; 
pandoc -f markdown  -t dokuwiki $i |  sed 's/^\[\[!meta title="\(.*\)"\]]/==== \1 ====/g' > $pagename ; done

copier les fichiers txt ainsi générés dans le dossier dokudir/data/pages/ (au besoin, reconstruire l'arborescence)